결손금의 소급공제란 당기의 결손금에 상당하는 세액을 당기 이전의 사업연도에 납부한 세액에서 환급하여 주는 것을 말한다. 법인세나 사업소득세는 일반적으로 일정기간(사업연도)의 손익을 계산하여 과세하는데, 장기적인 입장에서 보면 전체 손익과의 차이가 발생하므로 이를 조정해주기 위하여 우리 법인세법과 소득세법은 결손금의 공제를 인정하고 있다. 결손금의 공제에는 이월공제와 소급공제가 있는데, 우리 법인세법과 소득세법은 이월공제를 원칙으로 하면서 예외적으로 중소기업의 경우 소급공제기간을 1년으로 하여 소급공제를 인정하고 있다.¹⁾

납세의무자가 결손금 소급공제제도를 이용하여 결손금에 상당하는 세액을 환급받았으나, 그 환급이 당초부터 부당하거나 사후적으로 부당하게 된 경우에는 지급된 환급세액(이하 '부당한 환급세액' 또는 '부당 환급세액'이라 한다)을 환수할 필요가 있다.

현행 법인세법 제72조 제5항은 다음의 3가지 사유, 즉 ① 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 결손금이 감소된 경우(제1호, 이하 '1호 사유'라 한다), ② 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우(제2호, 이하 '2호 사유'라 한다), 중소기업에 해당하지 아니하는 내국법인이 법인세를 환급받은 경우(제3호, 이하 '3호 사유'라 한다)에는 그 환급세액에 이자 상당액을 더한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다고 규정하고 있다.

법인세법은 당초 1호, 2호 사유만을 규정하다가 3호 사유가 추가되었는바, 그 개정 연혁은 다음과 같다.

한편 국세환급금와 관련하여 국세기본법 제51조 제9항²⁾은 일반 규정으로, "세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 국세징수법의 고지·독촉 및 강제징수의 규정을 준용한다"고 규정하고 있다.

대상판결에서는 2호 사유에서 정한 부당한 환급세액의 환수가 문제되었다. 대상판결에서는 결손금이 발생한 사업연도가 2006사업연도였으므로, 2008. 12. 28. 개정 전의 구 법인세법이 적용되었는데, 당시 법인세법에는 환급세액의 환수사유로 1호 사유만 규정되어 있었고, 2호 사유는 법인세법 시행령에 규정되어 있었다. 이 때문에, 대상판결의 원심에서는 먼저 환급세액의 환수사유를 법인세법이 아닌 법인세법 시행령에 규정한 것이 적법한지가 우선 다투어졌다. 이에 대하여 원심인 서울고등법원 2019. 8. 14. 선고 2018누42957 판결은 2호 사유를 환급세액의 환수사유로 규정한 당시 법인세법 시행령 제106조 제6항이 모법의 위임범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.³⁾

다음으로 대상판결에서는 법인세법 제72조 제5항에서 정한 환수처분(법인세로 징수하는 처분)의 성격이 문제되었다. 원고는 환수처분인 이 사건 처분이 부과처분 및 징수처분의 성격을 모두 가지는 것이므로, 부과제척기간이 경과한 이 사건 처분은 무효라고 주장하였다. 이에 대하여 피고는 환급금(환급세액) 결정을 직권으로 취소한 이후에는 환급금의 환수를 위한 별도의 부과처분은 필요하지 않고 징수처분만 하면 되므로, 이 사건 처분은 징수처분에 해당하여 부과제척기간이 적용되지 않고, 환급금(환급세액) 결정에 대한 직권 취소 후부터 소멸시효만 적용된다는 취지로 주장한 것으로 보인다.⁴⁾ 대상판결의 원심인 서울고등법원은 이 사건 처분이 부과처분과 징수처분의 성격을 모두 가진다고 본 다음, 부과제척기간이 경과하여 무효라고 판단하였다.

이에 대해서는 피고만이 상고하였기 때문에, 대상판결에서는 이 사건 처분의 성격이 '부과처분의 성격'도 가지고 있는지, 아니면 '징수처분'일 뿐인지가 주된 쟁점이 되었다.

그 밖에 대상판결에서는 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제3호⁵⁾에서 정한 특례부과제척기간인 "국세기본법 제45조의2 제1항 및 제2항에 따른 경정청구일부터 2개월"이 적용되는지 여부 및 부과제척기간의 기산일과 관련하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항, 제5항 및 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호⁶⁾를 적용할 수 있는지 여부⁷⁾도 문제되었으나, 아래에서는 위 주된 쟁점을 위주로 살펴본다.

위에서 본 바와 같이 2008. 12. 28. 법인세법 개정 전에는 3호 사유에 의한 부당한 환급세액에 대해서는 법인세법에 그 환수방법에 대하여 아무런 규정이 없었다. 이런 경우에는 과연 어떤 방법으로 부당한 환급세액을 환수해야 할까?

당초 과세관청은 당시 법인세법과 법인세법 시행령의 규정들을 유추적용한 행정처분으로 환수하려고 하였다. 즉, 과세관청은 당시 법인세법 및 그 시행령이 규정하고 있던 1호 내지 2호 사유를 유추적용하여 부당한 환급세액을 법인세로 징수하려고 하였다. 그러나 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두13506 판결은 "결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도, 그와 같은 경우가 구 법인세법 제72조 제5항의 '결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우'에 해당하지 않음은 규정의 문언상 명백하므로, 그에 해당하는 경우의 환급세액 징수와 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제110조 제5항의 규정이 적용될 여지는 없다고 하겠다. 한편, 결손금 소급공제시의 환급세액의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제110조 제2항의 규정에 의하면, '직전 사업연도의 과세표준'이란 소급공제 결손금액을 차감하기 전의 과세표준을 말하므로, 결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우가 위에서 본 구 법인세법 시행령 제110조 제6항이 위 제5항을 준용하여 징수할 수 있도록 한 경우인 '직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우'에 해당하지 않음도 또한 분명하다"고 판시하여 이를 부정하였다.

다시 과세관청은 '납세의무자가 신고한 과세표준 및 세액에 대한 과세관청의 경정권'을 규정한 구 법인세법 제66조 제2항, 제4항을 근거로 부당한 환급세액을 법인세로 징수하려고 하였으나, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두17144 판결은 "결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우를 구 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제4항에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 경정사유가 있는 오류 또는 탈루가 있는 경우라고 볼 수 없다"는 이유로 이것도 부정하였다.

이에 과세관청은 민사상의 부당이득반환청구권을 행사하여 부당한 환급세액을 환수하려고 하였다.

그러나 대법원 2016. 2. 18. 선고 2013다206610 판결⁹⁾은, "구 법인세법 제72조의 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우 납세지 관할 세무서장은 그 착오환급한 환급세액을 구 국세기본법 제51조 제7항¹⁰⁾에 따라 강제징수할 수 있을 뿐이고, 민사소송의 방법으로 부당이득반환을 구할 수는 없다"고 하였다. 결국 대법원은 돌고 돌아서 부당한 환급세액을 행정처분을 통하여 환수하여야 한다는 입장을 취한 것이다.

국세기본법 제51조 제1항은 "세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다"고 규정하고 있다. 판례에 따르면 이러한 국세환급금 결정은 그 성질에 따라 2가지로 나뉜다. 이미 법률상 납세의무자의 환급청구권이 확정되어 있는 상태에서 과세관청이 내부적 사무처리절차로서 환급금결정을 하는 경우와 과세관청의 환급금결정에 의하여 비로소 환급세액이 결정되는 경우가 그것이다. 전자의 예로는, 과세관청의 과세처분이 당초부터 무효인 경우이거나 취소된 경우가 대표적이다. 판례는 이러한 경우의 국세환급금결정이나 그 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않는다고 본다.¹¹⁾ 이에 비하여 후자의 경우에는 과세관청의 환급금결정에 의하여 비로소 환급세액이 결정되므로, 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다. 결손금 소급공제로 인한 환급청구권도 여기에 속한다(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결¹²⁾).

결손금 소급공제로 인한 환급금결정이 행정처분에 해당하는 이상, 부당하게 지급된 환급금(환급세액)을 환수하기 위해서는 '환급금 취소 결정'이 필요하고, 환급금 취소결정이 이루어졌다면 국가의 부당이득반환청구권은 이미 확정되었으므로, 국세기본법 제51조 제9항에서 정한 대로 국세징수의 예에 따라 부당한 환급금(환급세액)을 환수할 수 있다고 본 것이다. 위 판결에서 말하는 국세징수법 제51조 제9항에 따른 환수처분은 징수처분의 성격의 가진다. 대법원 2013. 10. 31. 선고 2012다200769 판결도 국세기본법 제51조 제9항에 따른 환수처분의 성격을 징수처분으로 보았다.¹³⁾

다만 현재는 모두 입법적으로 해결이 되었으므로, 법인세법 제72조 제5항에 따른 환수처분(법인세로 징수하는 처분)을 통하여 환수하면 된다.