최신 조세 예규 분석
Ⅰ. 법인이 공동사업체의 자산을 출자해도 적격 현물출자에 해당될 수 있어(서면-2022-법규법인-4036, 2023.09.12)
법인세법상 적격현물출자에 해당하는지 여부는 별도로 사업자 등록된 공동사업장이 아닌 법인인 공동사업자를 기준으로 판단하여야 한다는 해석이 나왔다.
국세청은 '내국법인과 내국법인이 공동사업장(개인사업자 등록)을 운영하는 경우로서, 해당 공동사업장의 운영으로 발생한 자산·부채가 다른 법인에 현물출자된 경우, 해당 현물출자가 「법인세법」 제47조의2 제1항 각 호의 요건을 충족하는지 여부는 해당 내국법인을 기준으로 판단하는 것'이라고 해석하였다.
세법은 현물출자에 따라 자산의 소유권이 이전되는 것을 과세의 계기가 되는 자산의 양도로 본다. 따라서 출자자가 법인이든 개인이든 현물출자에 따른 양도차익을 과세소득으로 인식하여야 한다. 그러나 우리 세법은 사업과 지분의 연속성이 유지되는 일정한 현물출자에 따른 양도차익에 대해서는 과세를 미래로 이연해 주고 있다(법인세법 제47조의2, 조세특례제한법 제32조 등). 여기에 해당하는 것이 법인의 적격현물출자와 개인사업을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우이다.
법인의 적격현물출자의 요건은 다음과 같다. 출자자인 법인이 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것, 피출자법인은 출자받은 자산을 사업에 계속하여 사용할 것, 출자 후 출자자의 피출자법인에 대한 지분율이 80% 이상일 것 등이다.
이 건은 법인이 다른 법인과 공동사업을 영위하다 그 공동사업장의 자산을 현물출자하는 사례에 대한 것이다. 공동사업을 영위하는 법인이 현물출자하므로 일응 법인세법의 적격현물출자 요건을 충족한 것으로 보인다. 그러나 우리 세법이 공동사업에 재산을 출자하는 것을 양도로 보고 있어 논란이 발생한다.
대법원은 '조합에 출자된 자산은 출자자의 개인 재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당한다'고 판결하였다(대법원 1985. 11. 12. 선고 85누339 판결 외 다수). 따라서 공동사업자가 공동사업체에 자산을 출자하면 세법상 양도에 해당한다. 세법상 공동사업자가 그 재산을 계속하여 소유한 것으로 보기 어려운 측면이 있다.
여기에서 민법상 조합의 법률관계를 살펴볼 필요가 있다. 조합은 권리능력이 인정되지 않기 때문에 그 조합재산은 법률상 조합 자체에 귀속될 수는 없고 형식적으로 조합원 전원에게 귀속된다. 민법은 조합재산을 조합 자체의 재산으로 보지 않고 각 조합원의 공동소유의 한 형태인 합유재산으로 규정하고 있다(민법 제704조). 조합원은 조합재산의 분할을 청구하지 못하고, 조합원 전원의 동의가 없으면 조합재산에 대한 지분을 처분하지도 못한다(민법 제273조). 세법에서 조합에 재산을 출자하는 것을 양도로 보더라도 조합원은 여전히 조합재산을 합유의 형태로 소유하고 있다. 따라서 그 조합원이 조합재산의 합유지분을 현물출자하는 것은 가능한 것으로 판단된다.
이 건에서 공동사업자인 두 법인이 공동사업체의 재산을 현물출자하였으므로, 조합원 전원의 동의로 조합재산을 처분한 것으로 보인다. 각 공동사업자가 공동사업체의 재산에 대해 가지고 있는 합유지분의 전체를 현물출자한 것이다. 공동사업자인 법인이 다른 공동사업자인 법인과 함께 공동사업체 재산의 합유지분을 현물출자한 후 피출자법인의 지분율 80% 이상이 되었으므로 법인세법에서 정한 적격현물출자의 요건을 충족한 것으로 판단된다. 국세청도 동일하게 해석하였다.
국세청은 과거에 개인인 공동사업자 모두가 공동사업의 자산을 현물출자하는 경우 법인전환 등에 따른 과세이연을 적용받을 수 있는 것으로 해석하였는데(서면법규과-1259, 2014.12.01), 법인인 공동사업자의 경우에도 이와 동일하게 해석하였다는 점에서 의의가 있다.
Ⅱ. 전문외국환업무취급업자가 전자지급결제대행 업무 과정에서 국내외 결제대금을 지급·추심 및 수령하는 용역은 부가세 면제(서면-2022-법규부가-5177, 2023.09.19)
전문외국환업무취급업자이면서 전자지급결제대행업을 영위하는 자가 전자지급결제대행업무를 수행하면서 대한민국과 외국간의 결제대금 지급·추심 용역을 제공하는 것은 부가가치세가 면제된다는 해석이 나왔다.
국세청은 '「외국환거래법」 제8조 제3항 및 같은 법 시행령 제15조의5에 따라 기획재정부장관에게 등록한 전문외국환업무취급업자가 「전자금융거래법」에 따른 전자지급결제대행 업무 과정에서의 대한민국과 외국 간의 결제대금을 지급·추심 및 수령하는 용역을 공급하는 경우 해당 용역의 공급은 「부가가치세법」 제26조 제1항 제11호 및 같은 법 시행령 제40조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 것'으로 해석하였다.
전문외국환업무취급업자는 외국환거래법에 대한민국과 외국 간의 외국환의 지급·추심 및 수령 등을 영위하기 위하여 기획재정부장관에게 등록한 자이다. 2017년 외국환거래법이 개정되기 전까지는 비거주자에 대한 외국환 지급을 한국은행에 거래 건별로 사전신고를 하였어야 했다. 개정된 외국환거래법은 전문외국환업무취급업자로 등록된 자에게 이러한 신고의무를 면제하였다.
한편 전자지급결제대행은 '전자적 방법으로 재화의 구입 또는 용역의 이용에 있어서 지급결제정보를 송신하거나 수신하는 것 또는 그 대가의 정산을 대행하거나 매개하는 것'이다(전자금융거래법 제2조 제19호). 이러한 업무를 영업으로 영위하고자 하는 자는 금융위원회에 등록하여야 한다. 사업자가 신용카드사를 통하여 결제대금을 수취하기 위해서는 개별 신용카드사와 각각 가맹점 계약을 체결하여야 한다. 중소형 쇼핑몰들이 이와 같이 모든 신용카드사와 가맹점 계약을 체결하는 것은 현실적으로 쉽지 않다. 이를 해결하는 것이 전자지급결제대행업이다. 전자지급결제대행업자는 모든 신용카드사와 가맹점 계약을 체결하고, 사업자는 하나의 전자지급결제대행업자와 서비스 이용계약을 체결하여 모든 신용카드사와 거래를 행할 수 있게 된다. 이러한 점에서 전자지급결제대행업을 Payment Gateway(PG)라 한다.
본건에서 질의자는 전문외국환업무취급업자이면서 전자지급결제대행업자이다. 질의자는 국내소비자의 결제대금을 수령하여 외국의 사업자에게 지급하는 업무를 수행하고, 외국의 사업자로부터 일정한 수수료를 지급받는다. 질의자는 이와 같은 용역의 공급이 부가가치세 면세인지 여부에 대해 질의하였다.
부가가치세법은 '외국환거래법에 따른 전문외국환업무취급업자의 외국환 업무용역'은 부가가치세가 면제되는 금융·보험 용역으로 규정하고 있다. 2018년에 개정된 규정인데, 금융회사가 아닌 전문외국환업무취급업자가 외국환업무를 하더라도 그 성격이 금융업과 유사하므로 동일하게 부가가치세 면세하도록 한 것이다.
그러나 부가가치세법은 전자지급결제대행업의 업무에 대해서는 부가가치세 면세로 규정하고 있지 않다. 따라서 부가가가치세가 과세된다.
본 건의 질의자는 국내소비자로부터 대금을 수령하여 외국의 사업자에게 지급한다. 이는 부가가치세가 면제되는 외국환 업무 용역에 해당한다. 한편, 본건 질의자는 동시에 전자지급결제대행업자로서 지급결제정보를 송신하거나 수신하고 그 대가의 정산을 대행하거나 매개한다. 이러한 업무는 부가가치세가 과세되는 전자지급결제대행업에 해당한다. 국내소비자로부터 대금을 수령하여 외국의 사업자에게 송금하는 외국환업무를 하기 위해서는 지급결제정보를 송신하거나 수신하여야 하고, 대가의 정산을 대행하거나 매개하여야 한다. 따라서 질의자가 이러한 업무를 하는 경우 전문외국환업무취급업자 또는 전자지급결제대행업자 중 어느 지위에서 수행한 것으로 보아야 할 지가 분명하지 않다.
국내외에 걸쳐 대금을 지급하는 외국환 업무에는 그 성격상 전자지급결제대행업자의 업무가 포함되어 있는 것으로 보인다. 지급결제정보를 확인하여 대금을 국내외에 걸쳐 지급하여야 하기 때문이다. 이러한 관점에서 보면 본건 질의자는 전문외국환업무취급업자로서 용역을 제공한 것으로 판단된다. 타당한 해석이다.
참고로 국세청은 금융감독원으로부터 '소액해외송금업'의 등록 인가를 받은 전문외국환업무취급업자가 2018. 2. 13. 이후 공급하는 소액해외송금업무 용역은 부가가치세가 면제된다는 해석을 확인한 바 있다(서면-2018-법령해석부가-1220, 2018 .05. 23).
Ⅲ. 과세이연된 피상속인의 양도소득세는 공과금으로 상속재산에서 공제돼(서면-2023-상속증여-2978, 2023.12.28)
과세가 이연된 주식의 양도소득세는 상속시 상속채무로 상속재산가액에서 공제된다는 국세청의 해석이 나왔다.
국세청은 '주식과세이연금액에 상당하는 세액을 양도소득세로 납부하여야 하는 경우, 해당 양도소득세는 「상속세 및 증여세법」 제14조 제1항 제1호에 따른 상속재산의 가액에서 빼는 공과금에 해당하는 것'으로 해석하였다.
세법은 어떠한 주식을 주고 다른 주식을 받으면 이를 양도로 보아 양도소득세를 과세한다. 그러나 세법이 정한 특정한 경우에는 여기에 대한 양도소득세를 바로 과세하지 않고 나중에 교환으로 받은 주식을 처분하는 등 세법이 정한 시점에 양도소득세를 납부하도록 하고 있다. 여기에 해당하는 것이 (i)주식을 현물출자하여 지주회사를 설립 또는 전환하거나(조특법 제38조의2 제1항) (ii)지주회사로 전환한 내국법인에 주식을 현물출자하는 경우(조특법 제38조의2 제2항)이다.
이 건의 질의에서 피상속인은 자신이 소유하고 있던 주식을 지주회사에 현물출자하고 지주회사의 주식을 교부받았다. 그리고 위 조세특례제한법의 규정에 따라 주식의 양도소득세 과세이연신청을 하였다. 그 후 피상속인의 사망으로 상속이 개시되었고, 이 때 과세이연된 주식의 양도소득세가 상속채무로 공제되는지 여부에 대해 질의하였다.
이연된 주식의 양도소득세는 교환으로 교부받은 주식을 처분하면 납부하여야 한다. 피상속인의 사망으로 주식이 상속되는 경우, 이연된 양도소득세를 납부하여야 하는 '처분'에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었다. 여기에 대해 조세심판원은 2022년 합동회의에서 '상속'은 과세이연 종료사유인 주식의 '처분'에 해당하나 이연된 양도소득세를 납부하지 않아도 되는 '부득이한 사유'에 해당하는 것으로 결정하였다. 결과적으로 이연된 양도소득세의 과세이연은 계속된다(조심2021서2878, 2022.11.21). 상속인이 해당 주식을 처분하는 시점에 이연된 양도소득세를 납부하여야 한다는 취지이다.
본 사안에서 질의자는 지주회사에 주식을 현물출자하여 양도소득세 과세이연을 적용받았던 주주가 사망한 경우 과세이연된 양도소득세 상당액이 상속채무에 해당하는지 여부에 대해 질의하였다.
국세청은 이연된 양도소득세는 상속재산의 가액에서 빼는 공과금에 해당하는 것이라고 해석하였다. 세법은 공과금을 상속개시일 현재 피상속인이 납부할 의무가 있는 것으로서 상속인에게 승계된 조세 등으로 정의하고 있다.
이러한 국세청의 해석은 타당하다. 이연된 양도소득세는 상속인이 나중에 주식을 처분하는 경우 납부하여야 하므로 상속인이 부담하여야 할 채무이다. 이러한 채무를 공제하지 않으면 실제 상속받는 재산보다 더 많은 금액에 대해 상속세를 납부하여야 한다.
Ⅳ. 국외에 있는 물품에 대한 항공화물운송장 양도는 부가세 과세대상 아님(사전-2023-법규부가-0733, 2024.01.10)
국외에서 운송중인 화물의 권리를 표창하는 항공화물운송장을 양도하는 것은 부가가치세 과세대상 거래가 아니라는 해석이 나왔다.
국세청은 '국내 갑법인이 국외 A법인으로부터 재화를 구입하여 국외에서 국내 을법인에 공급하고 국내 을법인이 해당 재화에 대한 수입·통관 등 수입절차를 이행하여 국내 반입하는 경우로서 국내 을법인이 항공화물운송장 등 운송관련서류를 국외 운송사로부터 교부받는 경우 국내 갑법인이 국내 을법인에 공급하는 재화는 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하며, 이 경우 국내 갑법인은 국내 을법인에 「법인세법」 제121조에 따라 계산서를 작성·발급하여야 하는 것'으로 해석하였다.
그리고 하루 뒤에 나온 국세청 해석도 '국내법인(구매)이 국외 운송사가 발행한 서렌더(Surrender) 선하증권을 수령하여 해당 재화에 대한 수입·통관 등 수입절차를 이행하여 국내 반입하는 경우 국내법인(판매)과 국내법인(구매)의 거래는 재화의 이동이 국외에서 이루어진 것으로서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것'으로 동일한 취지이다(서면-2024-법규부가-0007, 2024.01.11).
부가가치세법은 재화의 공급 및 재화의 수입에 대하여 과세한다(부가가치세법 제4조). 부가가치세의 납세의무는 대한민국의 주권이 미치는 범위 내에서 적용하므로 사업자가 대한민국의 주권이 미치지 아니하는 국외에서 재화를 공급하는 경우에는 납세의무가 없다(부가가치세법 기본통칙 3-0…3).
선하증권을 양도하면 운송물의 소유권을 양도하는 법률상 효과가 발생한다. 따라서 선하증권의 양도는 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당한다고 볼 수도 있다. 그러나 운송물이 국외에 있음에도 선하증권을 국내에서 양도하면 부가가치세가 과세되는지 여부에 대한 문제가 발생한다.
이에 대하여 과거 기획재정부는 부가가치세 과세대상이라고 해석한 바 있다(기획재정부 조세법령운용과-418, 2022.04.26). 그리고 이와 반대되는 취지의 서면-2016-부가-4844, 2016. 9. 20을 포함한 국세청 해석 11건을 삭제하고, 회신일(2022. 4. 26.) 이후 결정∙경정하는 분부터는 적용하는 것으로 하였다.
그러나 조세심판원과 법원은 이와 다른 입장을 취하고 있다. 조세심판원과 법원은 국외에서 공급되는 물품에 대해 부가가치세를 과세한다면 소비지국 과세원칙에 어긋나므로 국외에 있는 운송물에 대한 국내 선하증권 양도는 국외거래로서 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 해석하고 있다(조심2016부1068, 2016.08.17, 서울고등법원 2021. 6. 4. 선고 2020누34829 판결).
본건의 해석은 과거 기획재정부의 해석과 충돌한다. 따라서 어느 해석이 타당한 것인지 여부가 여전히 분명하지 않은 상황이다. 분명하게 정리할 필요가 있다.
다만, 운송물이 우리나라의 과세권이 미치지 않는 지역에 있는 경우, 그 운송물을 양도하면 우리 부가가치세가 과세되지 않는다. 이러한 운송물에 대한 권리를 표창하는 화물항공운송장이나 선하증권을 양도하더라도 동일하게 부가가치세가 과세되지 않아야 한다. 이러한 점에서 본건 해석이 좀 더 타당한 것으로 판단된다.
Ⅴ. 법인이 우리사주조합 등을 콜옵션 행사자로 지정하면 그 지정일이 속하는 사업연도의 손금(서면-2023-법규법인-2762, 2024.02.07.)
콜옵션을 보유한 법인이 우리사주조합 또는 임원을 행사자로 지정하면, 그 콜옵션의 가액은 지정한 날이 속하는 사업연도의 세무상 비용에 해당한다는 해석이 나왔다.
국세청은 "제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 발행한 법인이 해당 콜옵션을 해당 법인의 임원에게 근로제공의 대가 등 인건비로 부여하거나(「법인세법」 제26조 제1호에 따른 인건비에 해당하는 경우에는 제외), 우리사주조합에 출연하는 경우, 해당 콜옵션의 가액은 「법인세법 시행령」 제19조 제3호 및 제16호에 따라 해당 법인의 손금에 해당하는 것이며, 그 귀속사업연도는 해당 콜옵션의 행사자를 임원 또는 우리사주조합으로 지정한 날이 속하는 사업연도로 하는 것"으로 해석하였다.
콜옵션은 미리 정해진 가격으로 어떤 재산을 취득할 수 있는 권리이다. 그 재산의 가격이 미리 정해진 가격보다 높으면, 콜옵션을 행사하여 그 재산을 시가보다 낮은 가격으로 취득할 수 있다.
회사가 전환사채를 발행하면서 인수자로부터 약정된 가액으로 해당 전환사채를 다시 매수할 수 있는 콜옵션을 부여받고, 그 콜옵션을 행사할 수 있는 자를 발행법인이 지정할 수 있도록 하는 것이 '제3자 지정 콜옵션부 전환사채'이다. 분리형 신주인수권부사채의 사모발행을 금지하도록 자본시장법이 2013. 8. 개정되었다. 분리된 신주인수권으로 주식을 취득하여 대주주의 경영권 강화 또는 승계목적으로 사용되는 것을 막기 위함이다. 이후 이를 대체하는 수단으로 제3자 지정 콜옵션부 전환사채가 활발하게 활용되고 있다.
이렇게 제3자 지정 콜옵션부 전환사채 발행 규모가 점차 증가하고, 이에 따른 우려의 목소리도 커짐에 따라, 금융위원회는 2021. 10. 28. 「증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정」을 개정하여, 최대주주의 전환사채 콜옵션 행사 한도를 제한하고 관련 공시 의무를 강화하였다. 나아가, 금융위원회는 2022. 5. 4. 제3자 지정 콜옵션부 전환사채에 부여된 콜옵션을 별도의 파생상품자산으로 분리하여 회계처리하고, 매 결산 시 콜옵션의 공정가치를 평가하여 평가손익을 인식하여야 한다는 내용의 「전환사채 콜옵션 회계처리에 대한 감독지침」을 발표하였다.
국세청도 2021년경부터 제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 활용한 경영권 강화 또는 승계 목적 거래에 대한 대대적인 세무조사에 착수하였다. 즉, 법인이 콜옵션부 전환사채를 발행한 후, 대주주와 그 특수관계인에게 콜옵션을 무상 또는 저가로 부여(콜옵션 행사자로 지정)하고, 대주주 등은 시가보다 낮은 가격으로 전환사채를 매수 후 주가 급등 시점에 주식으로 전환하는 방식으로 시세차익을 향유하는 거래 구조를 불공정 자본거래의 한 유형으로 본 것이다. 이에 따라, 콜옵션 행사자로 지정받은 자에게는 증여세를(조심2023서0376, 2024.2.13 참고), 콜옵션부 전환사채를 발행한 법인에 대하여는 부당행위계산 부인을 적용하여 법인세를 과세하였다(적부2022-0035, 2022.7.20, 적부2023-0075, 2023.12.20 참고).
이처럼 재산적 가치가 있는 콜옵션을 특수관계인에게 저가 또는 무상으로 부여하는 것은 부당행위계산 부인 적용 대상에 해당할 수 있다. 그렇다면, 정당한 대가관계, 예컨대 근로 제공의 대가로 그 임직원을 콜옵션 행사자로 지정하는 경우는 어떻게 될까?
이번 유권해석에서 국세청은 근로 제공의 대가인 인건비 또는 우리사주조합에 출연할 목적으로 콜옵션을 부여하는 경우, 해당 콜옵션의 가액은 콜옵션 행사자로 지정한 날이 속하는 사업연도의 손금에 해당한다고 회신하였다. 비록, 제3자 지정 콜옵션부 전환사채가 경영권 강화 또는 승계 수단으로 빈번하게 활용되고 과세되는 사례 또한 많은 것은 사실이나, 인건비 또는 우리사주조합에 대한 출연금 등과 같이 그 콜옵션 부여 목적이 세법상 정당하다고 인정된다면, 해당 콜옵션 가액 역시 법인세법상 손금으로 인정될 수 있는 것이다.
따라서, 제3자 지정 콜옵션부 전환사채를 발행하고, 그 콜옵션 행사자를 지정할 권리를 보유함으로써 별도의 파생상품자산으로 회계처리한 법인의 경우, 이번 유권해석에서와 같이 임직원의 인건비 또는 우리사주조합에 출연하는 등의 목적으로 해당 콜옵션을 활용하는 방안을 고려해 볼 필요가 있다고 판단된다.
다만, 이번 유권해석에서는 손금으로 인정되는 금액을 '해당 콜옵션의 가액'이라고만 지칭하고 있을 뿐, 구체적인 산정 방법 등에 관하여는 특별히 언급하고 있지 않다. 콜옵션의 가치를 객관적으로 평가하는 것은 쉽지 않고, 재무이론에서도 여러가지 평가 방법이 있다. 따라서, 후속 유권해석을 통하여 콜옵션 가액 산정방법을 분명하게 할 필요가 있다.
Ⅵ. 외국사업자와 공동 기술개발에 소요된 매입세액 전액 공제 가능(기획재정부 부가가치세제과-183, 2024.2.23.)
기획재정부는 사업자가 외국의 사업자와 공동으로 기술개발을 하면서 국내의 다른 사업자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액은 사업자가 외국 사업자 분담분에 대해 외국사업자에게 세금계산서를 발행하면 전액 공제할 수 있다고 해석하였다.
사업자는 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 다만, 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 공동경비 중 약정에 따른 분담 비율 등 일정한 기준에 따른 분담 금액을 초과하는 금액에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는다(부가가치세법 제39조).
한편, 세법은 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급받는 경우로서, 그 조합 또는 단체가 재화 또는 용역을 실제 소비하는 조합원이나 구성원을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 경우에는 종전 공급자가 재화 또는 용역을 실제 소비하는 조합원이나 구성원을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다고 규정하고 있다(부가가치세법 시행령 제69조 제15항).
이 사안에서 납세자(A)는 국외사업자(B)와 공동으로 기술개발을 하면서 원가분담 약정을 체결하였고, 국내에서 다른 사업자로부터 기술개발 관련 용역을 공급받고 용역대가 전액을 지급한 후 국외사업자(B)로부터 원가분담액을 수취하였다. 이 때, 납세자(A)가 기술개발 관련 용역 매입으로 지출한 금액 전액에 대해 세금계산서를 교부받았는데, 국외사업자(B)와의 약정에 따른 원가부담액을 초과하는 매입세액에 대해 부가가치세법 제39조에 따라 매입세액이 공제되지 않는지 여부가 문제였다.
기획재정부는 이 사안에서 납세자(A)가 국외사업자(B)로부터 지급받은 분담금액에 대하여 부가가치세법 시행령 제69조 제15항을 준용하여 국외사업자(B)에게 세금계산서를 발급한 경우에는 국내에서 교부받은 매입세액 전체를 매출세액에서 공제할 수 있다고 해석하였다. 납세자(A)가 세금계산서 교부 특례규정을 준용하여 국외사업자(B)에게 세금계산서를 발급하였다면 여기에 대해 매출세액이 발생한다. 한편 납세자의 매입세액은 자신의 분담분에 대한 것과 국외사업자의 분담분에 대한 것으로 구성되어 있다. 국외사업자의 분담분에 대한 매입세액은 납세자가 국외사업자에게 세금계산서를 발행하면서 발생한 매출세액에 대응하는 것으로 보아야 할 것이다. 납세자가 매입세액을 전액 공제하더라도 결과적으로 자신의 분담분에 대한 매입세액을 공제한 것과 동일하게 된다. 이러한 점에서 기획재정부의 해석은 합리적이다. 반대로, 납세자(A)가 국외사업자(B)에게 세금계산서를 발급하지 않았다면, 약정에 따른 원가부담액을 초과하는 매입세액은 납세자(A)의 매출세액에서 공제될 수 없는 것으로 보인다.
한편, 기획재정부는 과거에 이 사안과 유사한 사안에서 납세자가 부담하기로 약정한 비율을 초과하는 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단하고 있었다(기획재정부 부가가치세제과-402, 2014.6.2.). 공동매입 관련 매입세액공제 여부에 관하여 기획재정부의 상반된 유권해석이 혼재되어 있으므로, 향후 유권해석의 정비가 필요한 것으로 보인다.
그리고 납세자(A)가 국외사업자(B)의 분담분에 대한 세금계산서를 발행할 때 영세율을 적용할 수 있는지 여부에 대해서도 확인이 필요하다. 국내사업자가 국외사업자(B)에게 직접 영세율이 적용되는 외화획득용역을 제공하면, 영세율이 적용될 것이다. 반면, 국내사업자가 납세자(A)에게 동일한 용역을 공급하고, 납세자가 국외사업자(B)에게 세금계산서 교부특례규정에 따라 세금계산서를 교부하는 경우 어떻게 처리하여야 하는지 여부가 분명하지 않다. 세금계산서 교부특례규정에 따라 세금계산서를 발행하면 국외사업자(B)에게 직접 세금계산서를 교부한 것과 동일한 효과가 발생하므로, 논리적으로는 여기에 대해서도 영세율을 적용할 여지는 있어 보인다.
